Kształcenie w Szkole Doktorskiej Nauk Medycznych i Nauk o Zdrowiu jest bezpłatne. Każdy Doktorant otrzymuje stypendium w kwocie ustalonej ustawowo lub większe, w zależności od źródła finansowania. Dodatkowo, każdy Doktorant może starać się w drodze konkursu o finansowanie na realizację swojego projektu doktorskiego z różnych źródeł.